Ninguém foi ferido nos três incêndios envolvendo o player digital da Apple, mas o governo disse em comunicado que a Apple reportou outros dois casos em que pessoas sofreram leves queimaduras.
Representantes da Apple não estavam imediatamente disponíveis para comentar o assunto.
O ministério afirmou que um possível defeito nas células de bateria do iPod nano pode ter causado o superaquecimento.
O ministério acrescentou que os iPods nano com incidentes conhecidos foram vendidos no Japão entre setembro de 2005 e setembro de 2006.
Um órgão semi-estatal especializado em segurança de produtos irá investigar as causas dos incidentes juntamente com a Apple, explicou um representante do ministério.
"Não estamos em posição de especular sobre os resultados das investigações. Mas, depois de muitos incidentes como esses, seria apropriado para a Apple tomar algumas medidas para alertar o público", afirmou um representante do ministério.